當然可以同時申請。
關(guān)鍵的問題是搞清軟件著作權(quán)與專利權(quán)的含義區(qū)別：軟件作品完成后，不論是否進行計算機軟件著作權(quán)登記，著作權(quán)就依法產(chǎn)生了。為了取得明確的證據(jù)，防止日后的糾紛，可以申請軟件著作權(quán)登記。專利權(quán)需要申請才能授予。
計算機程序具有作品性質(zhì)，它的代碼表達就受到著作權(quán)法的保護。著作權(quán)并不保護“構(gòu)想”本身，只保護“形式”。
發(fā)明專利申請：
1、涉及自動化技術(shù)處理過程的發(fā)明專利申請；
2、涉及計算機內(nèi)部運行性能改進的發(fā)明專利申請；
3、涉及測量或測計算機程序試過程的發(fā)明專利申請等。這些程序與有關(guān)產(chǎn)品設(shè)備、計算機或測量裝置等結(jié)合在一起形成完整的技術(shù)方案，是可予授予專利權(quán)的。計算機程序要獨立完成，獨創(chuàng)性，只要是獨創(chuàng)的作品，不論其是否與已發(fā)表的作品相似，均可獲得獨立的著作權(quán)。而專利權(quán)只授予先申請人，要求新穎性，創(chuàng)造性等。
如果有一個軟件系統(tǒng)先申請了軟件著作權(quán)，可以申請專利，雖然軟件著作權(quán)先申請，但是軟件系統(tǒng)的技術(shù)核心，構(gòu)想，模型等沒有公開等。申請專利的話，軟件著作權(quán)的申請不會有喪失新穎性的問題，因為沒有新穎性而言，只有獨創(chuàng)性。